Bin Ladin, der bei dem Verfahren selbst nicht anwesend ist, und seine Organisation Al-Kaeda (das Fundament) werden nicht nur für die Bombenanschläge auf die zwei amerikanischen Botschaften in Kenia und Tansania im August 1998 verantwortlich gemacht, sondern auch für die tödlichen Attacken gegen amerikanische Soldaten in Somalia im Jahre 1993 und den letztjährigen Anschlag auf das amerikanische Kriegsschiff "USS Cole" in Jemen. Ein Kronzeuge beschuldigte Usama bin Ladin als wichtigsten Drahtzieher dieser und zahlreicher anderer Anschläge gegen amerikanische Bürger und Einrichtungen im Ausland. Bin Ladin habe in Afghanistan militärische Ausbildungslager eingerichtet, in denen Terrorkommandos für Mordanschläge gedrillt würden, sagte Jamal Ahmed al-Fadel aus, der persönlich Zugang zu bin Ladin gehabt haben und selbst in die Durchführung von Anschlägen verwickelt gewesen sein soll.

Neben Bin Ladin wurde offiziell Anklage gegen 21 weitere Verdächtige erhoben. Auf der Anklagebank sitzen derzeit jedoch nur 4 Männer. Sie werden beschuldigt, von bin Ladin für die Vorbereitung und Durchführung der Sprengstoffanschläge auf die diplomatischen Vertretungen der USA eingesetzt worden zu sein.

Bin Ladin, der vom US-Geheimdienst CIA schon seit längerem auf die Liste der zehn meistgesuchten Verbrecher gesetzt wurde und auf den ein Kopfgeld von fünf Millionen Dollar ausgeschrieben ist, hält sich derzeit in Afghanistan auf. Die Taliban lehnten seine Auslieferung an die USA bislang strikt ab.

Nachdem die Vereinten Nationen deshalb neue Sanktionen gegen die Taliban verhängten und erneut die Auslieferung Bin Ladens forderten, gab es Meldungen, die Taliban wären bereit, über den Streitfall Usama Bin Laden erneut zu verhandeln. Der "Aussenminister" der Taliban, Wakil Ahmed Mutawakel, kündigte an er werde einen neuen Vorschlag erarbeiten, um den Streit mit den USA beizulegen. Bisher hatten die Taliban gefordert, die USA müssten vor dem Obersten Gericht der Taliban Beweise für die terroristischen Aktivitäten bin Ladin erbringen. Ein weiterer Vorschlag sah vor, dass sich eine Kommission von Geistlichen aus drei islamischen Staaten in Afghanistan mit dem Fall befassen sollte. Beide Vorschläge wurden von den USA abgelehnt.